Puhdistamaton kylmäpuristettu öljy ei sovellu paistamiseen. Kuumennettaessa korkeisiin lämpötiloihin hellävaraisen puristustavan ansiosta säilyneet aromiyhdisteet ja rasvahapot hajoavat – öljy menettää juuri sen, minkä vuoksi sitä arvostetaan. Lisäksi puhdistamattomat öljyt voivat voimakkaasti kuumennettaessa muuttua kitkeriksi ja savuta.
Paras käyttötapa on lisätä öljyä valmiisiin ruokiin tai kylmiin kastikkeisiin. Muutama tippa tai pieni lusikallinen öljyä muuttaa makuprofiilia:
kasvissalaateissa ja alkupaloissa – öljy tuo neutraalin pohjan sijaan mausteisen, hieman kitkerän vivahteen;
puuroissa ja viljaruoissa – lisätään valmistuksen lopussa, kun ruoka on jo otettu pois liedeltä;
palkokasviruoissa – sopii hyvin linssien, kikherneiden ja papujen kanssa;
leivän ja rieskojen kanssa – sitä voi käyttää dippiöljynä Lähi-idän keittiön perinteen mukaan.
Kalonji-öljyn maku on voimakas ja omaleimainen – mausteinen ja selvästi kitkerä. Jos maistat sitä ensimmäistä kertaa, aloita pienimmällä määrällä (puoli teelusikallista annosta kohden) ja löydä vähitellen omaan makuusi sopiva määrä.