Magneettipohjalliset ovat vasta-aiheisia useissa tilanteissa, joihin liittyy magneettikentän vaikutus elimistöön tai lääketieteellisiin laitteisiin:
Sydämentahdistin tai muut elektroniset implantit – magneettikenttä voi häiritä laitteen toimintaa. Tämä on ehdoton vasta-aihe.
Raskaus – tänä aikana suositellaan välttämään kaikkea magneettista altistusta ilman lääkärin kanssa sopimista.
Ihovauriot jaloissa – haavat, halkeamat, tulehdukset tai haavaumat: pohjallisen kohokuvioitu pinta voi lisätä ärsytystä tai vahingoittaa jo vaurioituneita kohtia.
Lisäksi herkkäihoisten tai allergisille reaktioille alttiiden kannattaa aloittaa lyhyillä käyttöjaksoilla ja seurata ihon reaktiota.
Pohjalliset eivät ole lääkinnällinen laite eivätkä korvaa asiantuntijan neuvontaa. Pitkäaikaisten sairauksien yhteydessä, erityisesti jos ne liittyvät alaraajojen verisuoniin tai hermostoon, pohjallisia voi käyttää vain lääkärin luvalla.