Kiisselin pohjana oleva pellavajauho turpoaa kuuman veden kanssa nopeasti ja muodostaa paksun, sitkeän massan – juuri se antaa tyypillisen koostumuksen. Ohjeen mukaan yhden annoksen (yksi tasainen ruokalusikallinen) päälle kaadetaan 100 ml kuumaa vettä, jonka lämpötila on vähintään 90 °C, ja sekoitetaan huolellisesti.
Kiisseliä ei keitetä liedellä, vaan se valmistetaan kaatamalla kuumaa vettä jauheen päälle: näin kanelin ja omenan maku säilyy raikkaampana. Valmiin juoman annetaan seistä 1–3 minuuttia. Jos haluat juoksevamman koostumuksen, lisää hieman enemmän vettä; jos paksumman, hieman vähemmän.
Ainesosina olevat akaasiakumi ja ksantaanikumi auttavat vakauttamaan koostumusta, joten oikein valmistettu kiisseli ei erotu kerroksiksi. Se kannattaa juoda heti valmistuksen jälkeen, kun se on vielä lämmintä: jäähtyessään massa muuttuu selvästi tiiviimmäksi.