Ennen ensimmäistä käyttöä šungiitti on huuhdeltava juoksevan veden alla – tämä on pakollinen vaihe, jota ei saa ohittaa. Luonnollisen mineraalin pinnalla on hienoa pölyä ja hiukkasia, joita syntyy louhinnassa ja pakkaamisessa. Jos kivet laitetaan veteen huuhtelematta, neste tummuu selvästi ja samenee.
Huuhtele kiviä muutaman minuutin ajan, kunnes vesi on suhteellisen kirkasta. Jotkin valmistajat suosittelevat lisäksi liottamaan šungiittia muutaman tunnin puhtaassa vedessä ja huuhtelemaan sen sitten uudelleen – tarkista tämä pakkauksen mukana tulevasta ohjeesta.
Valmistelun jälkeen kivet laitetaan lasi- tai keraamiseen astiaan, astia täytetään vedellä ja vesi saa seistä kivien kanssa. Pakkausmerkintöjen mukaan 150 g:aa šungiittia kohden käytetään 2–3 l vettä (sallittu vaihteluväli on 1,5–5 l), ja kiviä pidetään vedessä 2–3 päivää.
Kiviä on huuhdeltava säännöllisesti myös käytön aikana – adsorbentin pinta kyllästyy vähitellen, ja sen teho heikkenee ajan myötä. Pakkausmerkintöjen mukaan kivet huuhdellaan juoksevan veden alla kerran 2 viikossa, ja 5–6 kuukauden kuluttua käytetty šungiitti vaihdetaan uuteen.
