Ennen ensimmäistä käyttökertaa piikivi on huuhdeltava huolellisesti juoksevan veden alla, jotta varastoinnin ja kuljetuksen aikana kertynyt pöly ja mahdollinen lika saadaan pois. Jotkut suosittelevat lisäksi liottamaan kiviä muutaman tunnin puhtaassa vedessä — se auttaa valmistelemaan mineraalin pinnan kosketukseen käyttämäsi veden kanssa.
Valmistelun jälkeen kivet asetetaan lasi- tai keramiikka-astian pohjalle ja päälle kaadetaan vettä suhteessa 10 g piikiveä 1 litraa kohden. Pakkausmerkintöjen mukaan vettä pidetään kivien kanssa 3 vuorokautta. Metalliastioita ei suositella, koska ne voivat vaikuttaa veden makuun ja ominaisuuksiin.
Piikivi on huuhdeltava säännöllisesti — pakkausmerkintöjen mukaan kerran 10 päivässä. Kiven pinnalle kertyy vähitellen sakkaa, ja ilman huuhtelua sen teho heikkenee. Huuhtele kivet juoksevan veden alla ja puhdista pinta tarvittaessa varovasti pehmeällä harjalla ilman pesuaineita.
Kivet kannattaa vaihtaa uusiin 6–8 kuukauden välein, koska niiden pinnan toimintakyky ehtyy vähitellen.
