Peräpuikko annostellaan peräsuoleen kyljellään maaten, polvet koukussa. Kädet on suositeltavaa pestä ennen asettamista. Puikko otetaan pakkauksesta ja työnnetään varovasti peräsuoleen tylppä pää edellä noin 2–3 cm:n syvyyteen.
Asettamisen jälkeen on hyvä pysyä makuuasennossa muutaman minuutin ajan, jotta peräpuikko ei tule ulos liian aikaisin ja ehtii alkaa vaikuttaa. Glyseriini sitoo kosteutta peräsuolessa ja pehmentää suolen sisältöä sekä samalla stimuloi hellävaraisesti ulostamistarvetta – vaikutus alkaa yleensä 15–30 minuutin kuluessa, vaikka aika voi vaihdella.
Peräpuikot on tarkoitettu kerta- tai lyhytaikaiseen käyttöön satunnaiseen ummetukseen. Niitä ei kannata käyttää säännöllisesti ilman asiantuntijan suositusta: jos suolen tyhjentäminen on usein vaikeaa, on parempi hakeutua lääkäriin syyn selvittämiseksi.
Jos limakalvo on herkkä, voi esiintyä lievää kirvelyä tai paikallista epämukavuutta – tämä on odotettava reaktio glyseriiniin. Jos epämukavuus on voimakasta tai ilmenee kipua, verta tai pahoinvointia, käyttö on lopetettava ja on kysyttävä neuvoa asiantuntijalta.