Tärkein ero on rasvahappojen alkuperä. Kalaöljy sisältää pääasiassa omega-3-rasvahappoja EPA:n ja DHA:n muodossa, joita merieliöt syntetisoivat. Kurpitsaöljy on kasviperäinen lähde: se sisältää linolihappoa (omega-6) ja alfalinoleenihappoa (kasviperäinen omega-3, ALA). Elimistö voi muuntaa ALA:ta osittain EPA:ksi ja DHA:ksi, mutta tämän prosessin tehokkuus on yksilöllinen.
Kurpitsaöljykapselit voivat kiinnostaa niitä, jotka suosivat kasviperäisiä lipidilähteitä tai eivät jostain syystä syö kalaa tai muita meren antimia. Ne ovat vaihtoehto myös sille, jolle kalaöljyn erityinen haju ja maku eivät sovi: kurpitsaöljyä sisältävillä gelatiinikapseleilla ei ole selvää jälkimakua.
Kurpitsaöljy ja kalaöljy eivät kuitenkaan ole keskenään korvattavia tuotteita: niiden rasvahappoprofiili on erilainen, samoin omega-3:n ja omega-6:n suhde. Jos valitset valmistetta tiettyä tarkoitusta varten, valinnasta kannattaa keskustella lääkärin tai ravitsemusterapeutin kanssa, etenkin jos käytät jo muita rasvahappovalmisteita.
