Enterosgel ir ķīmiski inerts, netiek metabolizēts un neuzsūkts — tāpēc sistēmiskās blakusparādības ir izjemiski reti. Vispārējāk uztveramas problēmas ir lokālās: ja uzņem par daudz ģela un nepietiek šķidruma, zarnās var radīties apstipriets (sorbents "izsūc" ūdeni no zarnu satura). Risinājums — obligāti uzņemt vismaz 100–150 ml ūdens pēc katras dozes un kopumā 1,5–2 l šķidruma dienā. Alerģiskās reakcijas uz polimetilsiloksānu polihidrātu ir aprakstītas kā ļoti retas, bet ja parādās ādas izsiests, jeķe vai vēdera pazīmes — jāpārtrauc lietošana un jāmeklē ārsts. Zārņu sāpes Enterosgel parasti neraisa — tas pats pārklāj gļotāju un var samazināt irritāciju. Ja lietošanas sākumā parādās jaunas, stipri sāpes — tas var norādīt uz citu patoloģiju (apendicīts, pankreatīts, upļaujums u.c.), nevis uz blakusparādību. Tāpēc jebkuras neizpratamas sāpes, kas nepiet kā caurejas krampi, ir iemesls ārsta vizītei.