Galvenā atšķirība — taukskābju izcelsme. Zivju eļļa satur pārsvarā omega-3 EPS un DHS formā, ko sintezē jūras organismi. Ķirbju eļļa ir augu avots: tā satur linolskābi (omega-6) un alfa-linolēnskābi (augu izcelsmes omega-3, ALA). Organisms var daļēji pārveidot ALA par EPS un DHS, taču šī procesa efektivitāte ir individuāla.
Kapsulas ar ķirbju eļļu var būt interesantas tiem, kas dod priekšroku augu lipīdu avotiem vai kāda iemesla dēļ neēd zivis un jūras produktus. Tāpat tas ir variants tiem, kam neder zivju eļļas specifiskā smarža un garša: želatīna kapsulām ar ķirbju eļļu nav izteiktas pēcgaršas.
Tajā pašā laikā ķirbju eļļa un zivju eļļa ir savstarpēji neaizvietojami produkti: tiem ir atšķirīgs taukskābju profils un dažādas omega-3 un omega-6 attiecības. Ja bagātinātāju izvēlaties ar konkrētu mērķi, ir jēga izvēli pārrunāt ar ārstu vai uztura speciālistu, it īpaši, ja jau lietojat citus bagātinātājus ar taukskābēm.
